22. јула 2013. године, у току последњег дана боравка у северној престоници Русије поглавар Српске Цркве и делегација у његовој пратњи посетили су Никољско-Богојављенску Поморску цркву у Санкт-Петербургу. На улазу су Патријарха Иринеја дочекали настојатељ храма протојереј Богдан Сојко и клирици парохије. Његова Светост се поклонио чудотворној икони светитеља Николаја и светињама у олтару.
У сећање на посету Његовој Светости је поклоњена икона светитеља Николаја Чудотворца.
У узвратној беседи Свјатејши Владика је између осталог рекао:
„У Свету Русију нисмо дошли као туристи, већ као људи који су блиски руском народу, Руској Православној Цркви и њеним великим светињама. Није лако наћи речи којима бисмо изразили наша осећања од посете светиња руске земље, то се може само осетити. Благодарни смо Господу због тога што нас је удостојио да посетимо ове светиње и да се заиста уверимо у то да су се благодатни дарови које је Бог дао руском народу, претворили у ове светиње.“
Патријарх је молио за молитве за српски народ, посебно за становнике Косова и Метохије који данас пролазе кроз велика искушења и велико страдање. Истакао је да светиње Косова и Метохије треба да остану „под окриљем српског народа који их је подизао“ и са захвалношћу је истакао подршку Руске Цркве и руске државе у овом питању.
Његова Светост Патријарх Иринеј је обишао храм и светиње у њему, између осталог – ковчег с моштима мноштва светих угодника Божијих и јединствену икону Николаја Чудотворца насликану на сребру, која је израђена по вољи цара Николајa II у част рођења његовог сина Алексеја.
Затим је делегација Српске Цркве на челу с Патријархом Иринејем посетила храм светих првоврховних апостола Петра и Павла у Петропавловској тврђави. Његова Светост је ушао у олтарски део храма, а затим је обишао крипте руских царева.
Истог дана је поглавар Српске Цркве заједно с делегацијом отпутовао за Москву. На аеродром „Пулково-3“ Његову Светост Патријарха Иринеја испратили су митрополит Санкт-Петербуршки и Ладошки Владимир и клирици Санкт-Петербуршке епархије.